腔隙性脑梗塞的病因根据栓子来源可以分为：
1、心源性：占60%~75%, 常见病因为慢性心房颤动，栓子主要来源是风湿性心瓣膜病、心内膜炎赘生物及附壁血栓脱落等，以及心肌梗死、心房粘液瘤、心脏手术、心脏导管、二尖瓣脱垂和钙化，先天性房室间隔缺损(静脉反常栓子)等。
2、非心源性：如动脉粥样硬化斑块脱落、肺静脉血栓或凝块、骨折或手术时脂肪栓和气栓、血管内治疗时血凝块或血栓脱落等；颈动脉纤维肌肉发育不良(女性多见)；肺感染、败血症、肾病综合征的高凝状态等可引起腔隙性脑梗塞。
3、来源不明:约30%的腔隙性脑梗塞。
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