间质性肺炎的临床无特异性表现，主要因呼吸困难、呼吸快、运动不耐受引起注视，影像学的检查提供诊断线索。可结合病原学检查排除感染因素，如人类免疫缺陷病毒（HIV）、巨细胞病毒（CMV）、EB病毒（EBV）的感染。可结合血清学的检查排除结缔组织病、血管炎、免疫缺陷病。确诊主要靠肺活检。
辅助检查（非侵入性）血沉、细菌培养、病毒抗体检查等病原检查、自身抗体、24小时食管pH监测，以排除其他原因引起的弥漫性肺疾病。
侵入性的检查如纤维支气管镜肺泡灌洗液的获取、肺组织病理检查。侵入性检查可分为非外科性（如BALF[支气管肺泡灌洗液]、TBLB[经支气管镜肺活检]、经皮肺活检）和外科性的肺活检。
肺活检为确诊的依据，肺活检可提供病理分型。根据病变的部位、分布范围，选取活检的方法。最后得到病理诊断。
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