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椎管内畸胎瘤是由起源于3个胚层的细胞混合而成的。根据组织学特征，畸胎瘤可分为成熟的、幼稚的及恶性畸胎瘤三类型。椎管内畸胎瘤的起源尚存有争议。Poeze等认为椎管内畸胎瘤可能起源于胚胎形成早期，幼稚生殖细胞错位，脊髓中央管室管膜憩室形成或胚胎发育异常等机制。有的病人可以在畸胎瘤邻近部位皮肤处出现成簇丛状生长的毛发，或伴有脊柱裂，这样表现的最可能为胚胎形成早期幼稚的生殖细胞错位所致。
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