1.一般治疗和对症治疗卧床休息，消化道隔离。给予易消化、高热量、高维生素、低脂肪饮食。限制进食牛奶以防腹胀。避免刺激性、多渣食物，防止诱发肠穿孔。退热可用物理降温。停用原有抗生素。忌用止泻药。可应用微生态制剂。
2.液体疗法静脉补液：进食少、失水明显的患者，应静脉输液，以补充水分、热量，及时纠正酸碱平衡和电解质紊乱。原则上损失多少补多少，遵循“先盐后糖，先快后慢，纠酸补钾”的方针。口服补液：适用于轻度失水者和静脉补液后病情已有改善者。
3.中医中药运用中医的整体观点，辨证施治，扶正祛邪，在提高机体免疫力和改善全身状况的同时，加以有效的抗真菌药治疗。尤其是艾滋病并发真菌性肠炎，中西医结合疗法有其独到的优势。大蒜、黄连、土槿皮、毛姜等中药均有一定的抗真菌作用。由大蒜的有效成分——大蒜素制成的注射液，可供静脉滴注，亦可口服。近来有人用中药浓煎成汁灌肠，亦取得不错的疗效。
4.抗真菌治疗首选制霉菌素口服。重症或口服有困难者选用氟康唑或二性霉素B合用氟胞嘧啶(5-氟胞嘧啶)静脉滴注。
(1)制霉菌素：为多烯类抗真菌抗生素，因不溶于水，口服不吸收，故副作用较小。成人每次100万U，3次/d，儿童酌减，疗程10～14天。可与大蒜素合用。
(2)大蒜素：为大蒜经真空分馏得到的一种有效挥发油，化学名为三硫二丙烯，亦可人工合成。注射剂，成人每天90～150mg，加入5%葡萄糖中滴注，4～5h滴完。口服胶丸，成人每次40～60mg，3次/d，饭后服。儿童用量酌减。疗程2周～4个月。
(3)氟康唑：为取代酮康唑的新一代三唑类化学制剂，对肝脏的毒副作用远较酮康唑小。用法：成人每天200～400mg，儿童5～10mg/(kg?d)，1次口服或静脉滴入。疗程10～14天。此药应避免与降低胃pH值的碱性药物同服，否则影响该药的吸收；也应避免与降血糖药、环孢素A、苯妥英钠、利福平、H2拮抗药等合用，以免相互干扰、加速代谢而降低疗效。
(4)伊曲康唑：作用与氟康唑类似，仅供口服。用法及注意点同氟康唑。用于治疗副球孢子菌肠炎，疗程需6～12个月。
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