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1. 用抗体或表位标记物捕获细胞核内或细胞质中内源性的RNA结合蛋白。
2. 防止非特异性的RNA的结合。
3. 免疫沉淀把RNA结合蛋白及其结合的RNA一起分离出来。
4.结合的RNA序列通过microarray(RIP-Chip),定量RT-PCR或高通量测序(RIP-Seq)方法来鉴定。