由于溴化乙锭具有一定的毒性，实验结束后，应对含EB的溶液进行净化处理再行弃置，以避免污染环境和危害人体健康。
(1) 对于EB含量大于0.5mg/ml的溶液，可如下处理：
①将EB溶液用水稀释至浓度低于0.5mg/ml；
②加入一倍体积的0.5mol/L KMnO4，混匀，再加入等量的25mol/L盐酸，混匀，置室温数小时；
③加入一倍体积的2.5mol/L NaOH，混匀并废弃。
(2) EB含量小于0.5mg/ml的溶液可如下处理：
① 按1mg/ml的量加入活性炭，不时轻摇混匀，室温放置1小时；
② 用滤纸过滤并将活性碳与滤纸密封后丢弃。
*EB=溴化乙锭
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