维生素B6摄入不足或吸收不良尽管食物维生素B6的来源广泛，偶尔仍可发生因食物摄入不足引起的缺乏，或患有Crohn病或腹腔疾病引起吸收不良。
长期应用某些药物最重要的是异烟肼，它与磷酸吡哆醛形成的复合物使其失去作用。其他有环丝氨酸、青霉胺、口服避孕药、左旋多巴等均能使维生素B6失去活性或排泄增多而引起维生素B6缺乏。
酗酒由于乙醇可加速磷酸吡哆醛的分解代谢，可引起维生素B6缺乏。
维生素B6依赖综合征属于少见的代谢异常，为遗传性疾病。
引起缺乏的原因有需要量增加、生物利用或代谢受干扰，如甲状腺机能亢进、怀孕、受电离辐射、高温环境下生活工作、尿毒症、肝病、慢性酒精中毒，使用干扰维生素B6代谢药物(如异菸肼、环丝氨酸、肼苯哒嗪、左旋多巴、青霉胺、口服避孕药、4-脱氧吡哆醇等)，先天遗传缺陷的“维生素B6依存症”。婴儿患者膳食中维生素B6摄入量虽正常，因需要量太大，仍可发生缺乏。
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