肾小球源性：IgA肾病、薄基底膜肾病（良性家族性血尿）、遗传性肾炎（Alport’s综合征）、其他原因所致的局灶性肾小球肾炎
非肾小球源性：
上尿路：结石、肾盂肾炎、多囊肾、髓质海绵肾、高钙尿和/或高尿酸尿（无结石）、肾损伤
乳头坏死、输尿管狭窄和肾积水、肾梗死或动静脉畸形、左肾静脉压迫（胡桃夹现象）、肾结核、肾细胞癌、肾盂/输尿管移行细胞癌
下尿路：膀胱炎、前列腺炎或尿道炎、良性膀胱/输尿管息肉或肿瘤、膀胱癌、前列腺癌、尿道狭窄
不确定病因：运动性血尿、良性血尿（尚不能解释的显微镜下血尿）、假性血尿（通常伴有肉眼血尿）、过度抗凝（华法林等）
目前，IgA肾病和薄基底膜肾病被公认为肾小球源性血尿的最常见原因。在无症状血尿病人的评估中，肾活检并非必要的常规检查方法，但随访中如果出现持续性蛋白尿和/或合并高血压或肾小球滤过率下降，则应及时进行肾活检，因为某些进展性肾小球疾病早期，临床上可以仅仅表现为无症状血尿。
在非肾小球源性血尿中，肾脏和上尿路的病变包括肿瘤、结石、囊性病（包括多囊肾和髓质海绵肾）、乳头坏死、代谢缺陷如高钙尿、高尿酸尿等；下尿路的病变包括膀胱，尿道和前列腺疾病。有文献报道，非肾小球源性镜下血尿中泌尿系统肿瘤发生率约占5%。其发病率随年龄的增加及暴露危险因素的增多而增高。因此，对于这部分病人应重视筛查和随诊。
一般选用尿相差显微镜检查来判断血尿的来源。异常大小和形态的尿红细胞>70%，提示肾小球源性血尿，其敏感性为75%－90%，特异性为 98%－100%。尿的红细胞形态检查需要留取新鲜尿液，并且复查 3次其结果才较为可靠。
肾活检必要时肾活检
（1）肾小球源性血尿
对明确的肾小球源性血尿应进行肾小球疾病的病因、程度和预后的综合评估，特别是合并蛋白尿或红细胞管型或肾功异常的患者。针对这些疾病，如不能明确诊断，建议行肾活检以指导治疗，判断预后。
若为孤立性肾小球源性血尿，则建议每 3个月进行尿常规和肾功能的随访，以观察血尿情况，是否合并蛋白尿，是否有肾功能下降的趋势和情况。对于这些患者一般不需要进行肾活检，但如果出现持续性蛋白尿或肾功能减退，则需要根据病人的个体化情况，进行肾活检以明确诊断。
（2）非肾小球源性血尿
对明确为非肾小球源性血尿，需进行病因的进一步筛查。静脉尿路造影、超声、和电子计算机 X射线断层扫描技术（computed tomography , CT）等影像学手段和尿液细胞学、膀胱镜等是常用的辅助检查方法。
对于泌尿系影像学、细胞学检查和膀胱镜检查有阳性发现者，建议泌尿外科手术治疗。其中膀胱肿瘤的危险因素有：年龄>40岁、吸烟史、肉眼血尿史、工作中接触某些化学物质（苯，芳香族化合物）、规律治疗后反复发作的尿路刺激症状、既往应用大剂量环磷酰胺、服用含有马兜铃酸的中药。对于无症状血尿伴有上述危险因素的患者，建议进行积极随访。
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