肠道病毒感染临床表现复杂多样，加以健康人群粪便带病毒者不少，因此诊断必需十分慎重，一般要符合以下几点才能确诊。
1.从病人体液（胸腔积液、心包液、脑脊液、血液、疱浆液等）或活检（或尸检）组织中分离出病毒有诊断价值，但单从咽拭或粪便中分离到病毒不能确诊。
2.疾病恢复期（起病后3～4周）血液中抗体效价较疾病早期有4倍或4倍以上增高，则有新近感染的可能。以中和抗体测定最为可靠。
3.临床上出现流行性肌痛、疱疹性咽峡炎、婴儿急性心肌炎、无菌性脑膜炎、急性流行性眼结膜炎等症候群。从咽拭子或粪便中重复分离到同一型病毒，且从
围同样疾病者中也检出相同的病毒，而病毒分离率远高于未接触病人的对照组，则有诊断的参考价值。
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