肠道病毒71型感染可引起多种临床表现。在澳大利亚、瑞典和日本，主要表现为手、足、口腔病，通常发生于1～3天的前驱性发热之后，未观察到严重的中枢神经系统疾病。而1975年在保加利亚发生的肠道病毒71型流行中，则以无菌性脑膜炎为主，21%病例表现为类似于脊髓灰质炎的急性瘫痪。病情发展迅速，起病后10～30小时即出现瘫痪。约半数病例表现为脑炎或脑神经损害（延髓性麻痹）。在美国的罗彻斯特、纽约和日本、香港发生的小规模流行暴发中均观察到手、足、口腔病与严重中枢神经系统感染可发生于肠道病毒71型的同一次流行之中。
其他较少见的临床表现包括：全身性斑丘疹、心肌炎、传染性多神经炎和上呼吸道炎。
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