1.自然分娩时，产妇子宫颈、阴道的病原菌污染婴儿眼部而被感染。如产妇阴道的衣原体检查为阳性，经阴道分娩的婴儿70%都可能被感染，其中18%～50%会发生“新生儿衣原体结膜炎”。引发新生儿结膜炎的病原体有细菌、衣原体和病毒，细菌主要为金黄色葡萄球菌、流感杆菌、淋球菌、肺炎球菌、大肠杆菌。引起新生儿结膜炎的衣原体称沙眼衣原体。病毒引起的以单纯疱疹病毒多见。
2.新生儿泪腺尚未发育完善，眼泪较少，不易将侵入的病菌冲洗掉，病原体在眼部繁殖发生结膜炎。
3. 新生儿免疫力低下，对病菌的抵抗力太弱，对成人和大一些儿童不会致病的细菌，也可能让新生儿遭受感染。
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