当X-射线透过样本时，样本的各个部位对X-射线的吸收率不同。
小动物microct检测通常采用锥形X线束（ConeBeam）。采用锥形束不仅能够获得真正各向同性的容积图像，提高空间分辨率，提高射线利用率，而且在采集相同3D图像时速度远远快于扇形束CT。
小动物microct检测成像的原理是当X-射线透过样本时，样本的各个部位对X-射线的吸收率不同。X-射线源发射X-射线，穿透样本，最终在X-射线检测器上成像。对样本进行360°以上的不同角度成像。与临床CT普遍采用的扇形X线束不同的是，Micro-CT通常采用锥形X线束。
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