上呼吸道感染可根据鼻、咽部的症状和体征，结合血常规检查和胸部影像学检查，作出临床诊断，但须与初期表现为感冒样症状的其他疾病鉴别。
1、上呼吸道感染与过敏性鼻炎的鉴别：
起病急骤，常表现为鼻黏膜充血和分泌物增多，伴有突发的连续喷嚏、鼻痒、鼻塞、大量鼻涕，无发热，咳嗽较少。分为季节性和常年性，多由过敏因素如花粉、螨虫、灰尘、动物毛皮、低温等刺激引起。如脱离过敏原，数分钟至1~2小时内症状即消失。
检查可见鼻黏膜苍白、水肿，鼻分泌物涂片可见嗜酸粒细胞增大，皮肤针刺过敏试验可明确过敏原。
发作过后如健康人，一般无发热等全身症状且病程较长，常年反复发作或季节性加重。
2、上呼吸道感染与急性细菌性鼻窦炎的鉴别：
致病菌多为肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、葡萄球菌、大肠杆菌及变形杆菌等，临床多见混合感染，多为在病毒性上呼吸道感染后症状加重。主要症状为鼻窦部疼痛、鼻塞、脓性鼻涕增多、嗅觉减退和头痛。急性鼻窦炎患者可伴有发热和全身不适症状。
3、上呼吸道感染与流行性感冒的鉴别：
由流感病毒引起，在流感流行季节（如北方的冬季）常见，可散发、也可小规模流行。流感起病急骤，除咽痛、干咳、流鼻涕、眼结膜充血、流泪等鼻咽部症状类似普通上呼吸道感染外，常全身症状较重，常伴高热、全身酸痛、畏寒、疲乏，偶诉腹痛、腹泻、腹胀等消化道表现。可进行鼻咽拭子快速抗原检测或聚合酶链反应（PCR）检查确诊。
4、上呼吸道感染与急性气管/支气管炎（下呼吸道感染）的鉴别：
表现为咳嗽、咳痰，鼻部症状较轻，血白细胞可升高，X线胸片或CT检查常可见肺部改变，比如肺纹理增强。
5、急性传染病前驱症状
很多病毒感染性疾病前期表现类似，如麻疹、脊髓灰质炎、脑炎、肝炎、心肌炎等病。患病初期可有鼻塞，头痛等类似症状，应予重视。如果在上呼吸道症状1周内，呼吸道症状减轻但出现新的症状，需进行必要的实验室检查，以免误诊。
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