红曲霉菌与其他菌(产已酸梭状芽孢杆菌、根霉和酸性曲霉菌等)混合可制成复合酯化酶生态菌剂。复合酯化酶生态菌剂是根据浓香型白酒发酵的原理。强化了传统大曲的发酵功能和生香功能，使发酵过程平稳而持久，酒糟残余淀粉低，出酒率高，酯化速度快，使白酒的总酯含量达到优质酒水平。
将红曲霉菌制成的复合酯化酶生态菌剂直接混入粮糟进行发酵或双轮底发酵，可缩短发酵周期，提高出酒率和优质酒率，生产高酯调味酒提高成品酒质量。
2005年，济南陆丰生物工程公司与汝阳林康酒业有限公司合作试验显示：在糟醅中使用复合酯化酶生态菌剂，出酒率提高6.67%，每公斤酒耗粮降低0.63kg，产酒质量感观尝评结果是窖香浓郁、香味谐凋、回味悠长。用在双轮底糟所产的酒酸、酯成倍增长，香浓不可下咽(糙)，有刺舌感，是优质的浓香型高酯调味酒。
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