由于果实和蔬菜中含有大量的纤维素，在加工过程中为了使植物组织软化膨润，一般用加热蒸煮、酸碱处理等，但这样就会使果蔬的香味和维生素损失，用纤维素酶进行果蔬处理不仅可以避免上述缺点，还可以使植物组织软化膨松，能提高可消化性和口感。纤维素酶用于果蔬汁加工可有利于细胞内物质渗出，增加出汁率；此外还可以减小压榨时压力，具有澄清作用。
国外有研究，在进行大豆加工时，用纤维素酶处理大豆，可促使其脱皮，同时，由于它能使胞壁破坏，使包含其中的蛋白质、油脂完全分离，增加其从大豆和豆饼中提取优质水溶性蛋白质和油脂的获得率，既降低了成本，缩短了时间，又提高了产品质量。
近年来，纤维素酶还应用于蔬菜脱水加工方面。另外可以用细胞分离酶或纤维素酶分解果实和蔬菜，使其溶化而做成果酱。也可用纤维素酶溶解蘑菇 , 制造一种新调味料。在糖渍果品加工中用砂糖浸渍果实时 , 用纤维素酶破坏细胞膜 , 砂糖短时间内即可浸透果实中。椰子饼加水蒸煮后 , 加入纤维素酶 , 其中的蛋白质、脂肪和糖类得到释放 使之作为人类的,食物而被利用成为可能。
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