原发性胃淋巴瘤由于较少见，其病史和症状又缺乏特征性，因此诊断颇为困难，一旦诊断明确时病变常已较大。原发性胃淋巴瘤患者从发病到诊断明确的时间通常较长，有文献报告约50%的病人超过6个月约25%超过12个月。虽然诊断较困难，只要通过仔细的检查和分析，还是有可能及时做出正确的诊断。目前胃淋巴瘤诊断的主要检查方法有：
1.X线钡剂检查 是诊断胃淋巴瘤的主要方法。虽然X线检查常不能提供明确的恶性淋巴瘤诊断但对于80%以上的胃部病变，可通过此项检查而被诊断为恶性病变从而作进一步检查。
胃恶性淋巴瘤在X线钡剂检查下的表现常常是非特异性的。常累及胃的大部分，且呈弥漫型和浸润型生长，多伴有溃疡形成如X线所见中有多数不规则圆形的充盈缺损似鹅卵石样改变则有较肯定的诊断价值。此外，若见到以下迹象也应考虑胃淋巴瘤可能：多发性恶性溃疡；位于胃后壁、小弯侧大而浅的溃疡；充盈缺损或龛影周围出现十分肥大的黏膜皱襞；胃壁增厚僵硬，但蠕动尚能通过；肿块较大胃外形变化不明显亦不引起梗阻；肿瘤扩展越过幽门累及十二指肠。
2.纤维内镜检查 为了在术前明确淋巴瘤的诊断，纤维胃镜检查被越来越广泛地应用。胃镜所观察到的胃淋巴瘤的大体类型常与胃癌相似因而不易从这些肿瘤的大体表现作出诊断，确诊仍须依靠活组织检查。如果是黏膜下病变就难于从黏膜下方的肿瘤获得阳性的组织标本，故其活检的阳性率常不如胃癌高。胃镜下可见胃恶性淋巴瘤有黏膜皱襞肥大及水肿或多发性表浅的溃疡，须与肥厚性胃炎及凹陷性早期胃癌相鉴别有时某些溃疡型的恶性淋巴瘤可暂时愈合而与胃溃疡病难以区别。如恶性淋巴瘤表现为溃疡性病变，则可通过直视下的细胞刷法或直接钳取肿瘤组织作活检获得确诊。
3.超声内镜检查(endoscopic ultrasongraphy) 通过超声内镜可清楚显示胃壁各层组织，从而可见胃淋巴瘤之浸润情况该技术对上消化道恶性肿瘤之检查可达83%的敏感率及87%的阳性率。同时可明确胃周淋巴结转移情况。
4.灰阶超声和CT检查 可见胃壁呈结节状增厚可确定病变的部位范围以及对治疗的反应。表现为腹部肿块的胃淋巴瘤，超声检查可助诊断。
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