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穿心莲内酯的化学结构是C20H30O5，它是由五个环组成的化合物，包括一个α-亚甲基-γ-内酯环和一个双键。
穿心莲内酯是一种二萜类化合物，其分子量为354.457克/摩尔，密度为1.23g/cm³，熔点为200℃左右，可溶于甲醇、乙醇、丙酮等有机溶剂，但不溶于水。
在提取过程中，穿心莲内酯通常以无色棱状结晶或白色粉末的形式存在。由于其独特的化学结构，穿心莲内酯具有多种药理作用，包括抗菌、抗炎、抗病毒和抗肿瘤等。
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