衣原体性结膜炎的病理病因是操作不规范化学性损伤细菌性(包括衣原体)感染病毒性感染，化学性结膜炎继发于为预防眼病滴入硝酸银的刺激；衣原体性眼炎是由分娩中获得的沙眼衣原体引起2%~4%的活产婴儿发病占＜4周新生儿结膜炎的30%~50%母亲流行性衣原体感染率为2%~20%这些母亲的新生儿约有30%~40%发生结膜炎10%~20%发生肺炎；细菌感染包括肺炎链球菌和非典型性流感嗜血杆菌引起的占新生儿结膜炎的15%在美国淋球菌性新生儿结膜炎(淋球菌引起的新生儿结膜炎)的发病率为活产婴儿的2/10000~3/10000分离得到的细菌除了流感嗜血杆菌和淋球菌外还包括金黄色葡萄球菌常常定植而感染；引起新生儿结膜炎的病毒有单纯疱疹病毒Ⅰ型和Ⅱ型(疱疹性角膜炎)。
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