国家药典委员会发布关于蛋白质组学分析方法及应用指导原则标准草案的公示（第二次）。
我委拟增订蛋白质组学分析方法及应用指导原则。为确保标准的科学性、合理性和适用性，现将拟增订的蛋白质组学分析方法及应用指导原则（第二次）公示征求社会各界意见（详见附件）。公示期自发布之日起一个月。请认真研核，若有异议，请及时在线反馈，并附相关说明、实验数据和联系方式。来函需打印后加盖公章，个人来函需打印后本人签名，并邮寄至我委通讯地址。
公示期满未回复意见即视为对公示标准草案无异议。
联系人：徐昕怡、朱冉
电话：010-67079522、010-67079581
通信地址：北京市东城区法华南里11号楼 国家药典委员会办公室
邮编：100061
蛋白质组学分析方法及应用指导原则第二次公示稿
修改说明
根据 2024 年 2 月蛋白质组学分析方法及应用指导原则第一次公示稿的反馈意见和建议，国家药典委员会相关专业委员会进行了研讨，在第一次公示稿的基础上修订了部分内容，主要为：
一、适用范围
1. 将文中“蛋白”修改为“蛋白质”。
二、蛋白质组学的分析策略
1. 将“通过质谱分析技术检测到肽指纹图谱进行多肽的鉴定和定量分析”修改为“通过质谱分析技术检测肽段一级与二级谱图进行多肽的鉴定和定量分析”。
2. 将文中“图谱”修改为“谱图”。
三、蛋白质组学分析方法
1.“2.1 质谱技术”增加其他质谱碎裂技术，修订为：“蛋白质组样品经过提取、分离富集或者进一步变性还原、酶切、多肽分离富集处理后，选择适宜的分离系统导入离子源离子化，电离生成带电荷离子，离子通过碰撞诱导解离（Collision induced dissociation, CID）、高能碰撞诱导解离 High energy collision dissociation, HCD）、电子活化解离（Electron activated dissociation，EAD）或其它适宜的解离技术进行碎片化，后在加速电场的作用下形成离子束进入质量分析器，通过质量分析器分离和过滤不同质核比的离子，过滤后的离子最终经检测系统转换为可测量的信号，从而得到质谱图，以获得蛋白质的相关信息”。
2. 将文中“质核比”修改为“质荷比”。
3. 将“数据库检索对肽段碎裂质谱谱图和数据库中的理论序列谱图进行匹配，实现肽段鉴定”修改为“质谱数据文件的数据库检索对肽段碎裂质谱谱图和数据库中的蛋白质计算机模拟消化肽段碎裂模式进行匹配，以进行肽段鉴定”。
4. 将“肽谱图匹配（peptide spectrum matching，PSM）”，“肽谱图匹配
（peptide-spectrum matches，PSM）”，统一为“肽段谱图匹配 (peptide-spectrum matches, PSMs)”。
5. 将“统计学分析（如 p 值）”修改为“统计学指标（如 p 值）”。
四、蛋白质组学分析的质量控制
1. 在表 1 中增加样品处理中酶解漏切率、酶解位点特异性等 QC 评价指标及描述；增加色谱分析中峰宽和半峰宽等 QC 评价指标及描述；增加质谱分析中TIC 图等 QC 指标及描述。
2. 调整仪器性能参数的描述顺序。将“建议结合仪器的性能进行设置，例如可将两个参数均设置为 20ppm，也可以将母离子质量误差设置为 10ppm，子离子质量误差设置为 0.02Da”修改为“建议结合仪器的性能设置质量误差，如将母离子质量误差设置为 10 ppm，子离子质量误差设置为 0.02 Da，也可将两个参数均设置为 20 ppm”。
3. 将“鉴定的蛋白质应具有至少 70%的覆盖率，即被鉴定的多肽的氨基酸序列覆盖蛋白质氨基酸序列的百分比，70%的蛋白覆盖率可提高鉴定结果的可信度和全面性”修改为“蛋白质覆盖率是指被鉴定的多肽的氨基酸序列覆盖蛋白质氨基酸序列的百分比，70%及以上的蛋白质覆盖率可提高鉴定结果的可信度和全面性”
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