蛋白质氨基酸：即标准氨基酸，在蛋白质生物合成中，由专门的tRNA携带，直接参入到蛋白质分子之中，包括20种常见氨基酸以及2种不常见氨基酸。常见的20种氨基酸有：甘氨酸、丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、甲硫氨酸（蛋氨酸）、脯氨酸、色氨酸、丝氨酸、酪氨酸、半胱氨酸、苯丙氨酸、天门冬酰胺、谷氨酰胺、苏氨酸、天冬氨酸、谷氨酸、赖氨酸、精氨酸、组氨酸。2种不常见氨基酸为硒半胱氨酸和吡咯赖氨酸。含硒半胱氨酸只存在于含硒蛋白之中，而吡咯赖氨酸仅存在于一些原核生物体内，作为与产甲烷代谢有关的某些酶的组分。
非蛋白质氨基酸：不能直接参入到蛋白质分子之中，或者是蛋白质氨基酸翻译后修饰产物。例如：瓜氨酸、鸟氨酸和羟脯氨酸。
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