①习惯命名法
多年来普遍使用的酶的习惯名称是根据以下三种原则来命名的：一是根据酶作用的性质，例如水解酶、氧化酶、转移酶等；二是根据作用的底物并兼顾作用的性质，例如淀粉酶、脂肪酶和蛋白酶等；三是结合以上两种情况并根据酶的来源而命名，例如胃蛋白酶、胰蛋白酶等。
习惯命名法一般采用底物加反应类型而命名，如蛋白水解酶、乳酸脱氢酶、磷酸己糖异构酶等。对水解酶类，只要底物名称即可，如蔗糖酶、胆碱酯酶、蛋白酶等。有时在底物名称前冠以酶的来源，如血清谷氨酸－丙酮酸转氨酶、唾液淀粉酶等。 习惯命名法简单，应用历史长，但缺乏系统性，有时出现一酶数名或一名数酶的现象。
②系统命名法
鉴于新酶的不断发现和过去文献中对酶命名的混乱，国际酶学委员会规定了一套系统的命名法，使一种酶只有一种名称。系统命名法以4个阿拉伯数字来代表一种酶。例如α-淀粉酶（习惯命名）的系统命名为α - l,4 - 葡萄糖-4葡萄糖水解酶，标示为：EC 3.2.1.1。EC代表国际酶学委员会，其中的第一个数字分别代表酶的大类，以1，2，3，4，5，6来分别代表，1为氧化还原酶类，3为水解酶类，其余类推。（见酶的分类）。第二个数字为酶的亚类，酶的每一大类下有若干个亚类：如在氧化还原酶中的亚类按供电子体的基团分类，如以CH-OH为电子供体标为1，醛基为电子供体标为2，余类推；转移酶中以转移的基团为亚类；水解酶中以水解键连接的形式为亚类；裂解酶中以裂解键的形式为亚类；亚类一般较多，达数十个。标示中的第三个数字是属酶的次亚类，是在亚类的基础上再细分的类型，该次亚类中，氧化还原酶按电子受体基团分类，如都以CH-OH为电子供体的反应，可以有不同的电子受体，如以NAD+或NADP+为受体标为1，余类推；转移酶的次亚类也按接受基团分类，如以-OH接受转移基团，该次亚类标为1。总之，酶的系统名称中前三个数字表示酶作用的方式。第四个数字则表示对相同作用的酶的流水编号。又如对催化下列反应酶的命名。
ATP+D—葡萄糖→ADP+D—葡萄糖-6-磷酸
该酶的正式系统命名是：ATP：葡萄糖磷酸转移酶，表示该酶催化从ATP中转移一个磷酸到葡萄糖分子上的反应。它系统命名是：E.C.2.7.1.1，第1个数字“2”代表酶的分类名称(转移酶类)，第2个数字“7”代表亚类(转移磷酸基)，第3个数字“1”代表次亚类(以羟基作为受体的磷酸转移酶类)，第4个数字“1”代表该酶在次亚类中的排号(D-葡萄糖作为磷酸基的受体)。
首页
