异淀粉酶是一种内切型淀粉酶，与普鲁兰酶、寡-1，6-葡萄糖苷酶和支链淀粉-6-葡聚糖水解酶等同属淀粉脱支酶。异淀粉酶能专一性地切开支链淀粉分支点的α-1，6-糖苷键，可剪下整个侧支，形成直链淀粉，它的最小作用底物是63-麦芽三糖基麦芽四糖，不能从β-限制糊精和-限制糊精水解由2个或3个葡萄糖单位构成的侧链，对茁霉多糖的活性很低；只能水解构成分支点的α-1，6-糖苷键，而不能水解直链分子中的α-1，6-糖苷键。由于异淀粉酶对底物中α-1，6-糖苷键位置的特异性强，因而早期被应于淀粉、糖原及其水解产物和其他有关化合物分子结构的理论研究。
近年来，异淀粉酶已广泛应用于酶制剂或食品工业的加工助剂，异淀粉酶可单独使用，也可与其他酶配合使用。单独使用，异淀粉酶可改变谷类淀粉性质，使支链淀粉变为直链淀粉，制造粉丝和淀粉膜；异淀粉酶与β-淀粉酶配合使用可生产高麦芽糖；与其他淀粉酶（α-淀粉酶和葡萄糖淀粉酶）配合使用，可使淀粉糖化迅速且完全。
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