异淀粉酶和普鲁兰酶都是脱支酶，专一地作用于多糖中α-1,6键，因此，利用这些酶进行水解，可除去其它糖化酶对淀粉进攻的障碍。这些酶通常和其他酶一起用来增加糊精化程度。例如，若用来和糖化酶一起生产高葡糖浆时，需要的葡萄糖淀粉酶的量减少而且葡萄糖－异麦芽糖的回复也将降低。
同样，当普鲁兰酶和β-淀粉酶一起作用时，可将液化后的淀粉浆转化成麦芽糖浆，麦芽糖的产量较β-淀粉酶单独起作用时增加不少。普鲁兰酶和真菌淀粉酶的联合水解作用，也可生产出发酵能力更强的葡萄糖浆，因为可发酵的麦芽三糖的产量增加了。
普鲁兰酶具有很大的商业价值，可与糖化酶结合使用，提高糖化率，产量也得到提升。近来，从梭菌菌株中分离得到高耐热性的普鲁兰酶，在温度高达90℃以上时仍有活性，可应用于液化和糖化工艺中，既可和α-淀粉酶一起应用，也可单独应用。
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