进入20世纪80年代，随着分子生物学的蓬勃发展，使几丁质酶用于生物防治的研究上升到基因工程水平。
1984年Shapira把几丁质酶基因从粘质沙雷氏菌（S.marcescens）克隆到E.coli后，被整合的E.coli和酶的提取液，在室温条件下均表现出对真菌的生物防治能力。
1988年PhilliosW.等将皱褶链霉菌（S.plicatus）的几丁质酶结构基因以pBR 322为载体转入到E.coli中，获得了成功的表达。
继而，科学工作者采用植物基因工程技术，将几丁质酶在生物防治中的应用又向前推进了一步。1990年英国科学家通过土壤农杆菌将细菌的几丁质酶基因导入双子叶植物中，成功培育出表达该酶的转基因植物，此类植物可抑制病原真菌的侵袭，并对植物线虫、昆虫和其它一些病原生物也具有抗性。
目前，通过此基因工程技术已获得的转基因植物有烟草、大豆、棉花、水稻和玉米。
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