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毅新质谱文献分享 | 核酸质谱将在临床中具有重要的作用和广泛的应用潜力

毅新质谱
2018.9.07

早在2002年,飞行时间质谱技术获得诺贝尔化学奖的时候,评奖委员会就一致认为该技术突破了生物大分子质谱分析的难题,必然会在临床诊断领域拥有巨大的发展潜力。2014年,FDA认可用质谱进行NGS验证,被认为是SNP检测的金标准。同年6月16日,基于飞行时间质谱系统IMPACT Dx™产品的基因检测技术通过了美国FDA 510K认证。飞行时间质谱技术以其高灵敏度,高特异性,高准确度,高通量检测的优势得到了全球医学界的认可,具有划时代的意义。

 

作为目前唯一一个适用于十个到上百个位点的中等通量检测技术,MALDI-TOF核酸质谱在临床主要被应用于SNP、基因突变以及DNA甲基化检测等方面。质谱检测的是分子量,属于物质的物理特性,因此不会受到任何因素的干扰,准确性和抗干扰性更高,独特的多重PCR检测也使得该技术在临床中具有重要的作用和广泛的市场前景。

Clin-ToF核酸应用平台

毅新质谱2007-2018 MALDI-TOF MS核酸质谱部分文献分享

 

文献1

论文题目:SNPs的质谱分析及应用前景展望

期刊名称:生物技术世界

发表时间:2007年

 

研究内容:

单核苷酸多态性(SNPs)在人类基因组中数目多、分布广泛且相对稳定,已成为继第一代限制性片段长度多态性标记和第二代简单的串联重复标记后的第三代基因遗传标记。SNPs具有高密度和高保守的特点,是人类基因组DNA序列中最常见的变异形式。这些基因组DNA序列的变异,被认为是决定人们的疾病易感性和药物反应的决定因素,在疾病的易患病体质,对药物具有抗药性或药物过敏体质爱,以及临床上的个体差异现象中扮演了及其重要的角色。因此,对SNP和突变的发现成为当今生命科学研究的热点。

基于MALDI-TOF MS的SNPs分析具有高准确性、灵敏性和可重复性,有望替代传统的实验手段,满足大规模基因组扫描乃至超高量SNP基因分型的要求。对SNPs的质谱分析方法进行总结分析,其主要包括4个方面的工作:(1)标准化的分子生物学反应,(2)在mapII/pure只能工作站进行的全自动样品纯化,(3)全自动上样,(4)等位基因特异性片段的MALDI-TOF质谱仪检测。在一项研究中,这种进行全自动样品纯化和上样的半自动基因分型策略,主要依赖于mapII/8TM智能工作站,在避免手工操作常规失误的同时,可获得高度重复性的结果,保证每个样本的检测条件相同。此外,SNPs分析方法的探究为个体化医学理想的实现带来令人鼓舞的曙光。

文献2

论文题目:Identification of two new loci at IL23R and RAB32 that influencesusceptibility to leprosy

中文题目:发现与麻风病相关的两个新易感基因位点:IL23R和RAB32

期刊名称:Nature Genetics (IF: 27.125)

发表时间:2011年

 

研究内容:

我们对706例麻风病人及5581例对照进行了全基因组关联分析,随后对排名中前24个SNP分别进行了3次独立的重复性研究共涉及3301例麻风病人和5299例对照。我们在结果中发现了两个此前未被报导过的新位点,位于6q24.3的rs2275606和位于1p31.3的rs3762318,因此IL23R和RAB32有可能是与麻风病相关的新易感基因。除此之外,我们还发现了NOD2和RIPK2基因座之间的可互相影响,这与这两个蛋白在机体受到感染时其防御反应激活NF-kB信号通路时会形成络合物的现象一致。

文献3

论文题目:Genome-wide association study in Chinese men identifies two newprostate cancer risk loci at 9q31.2 and 19q13.4

中文题目:对中国人群的全基因组关联研究发现了2个新的前列腺癌变异位点:9q31.2和19q13.4

期刊名称:Nature Genetics (IF: 27.125)

发表时间:2012年

 

研究内容:

前列腺癌患病风险相关的变异位点此前在欧洲、美国非裔及日本人群中均有过报道,而我们此次开展了中国汉族人群的首次前列腺癌患病风险相关的全基因组关联研究用以对中国人群中的变异位点进行系统性的调查。此次研究共涉及4484例前列腺癌患者及8934例对照,研究结果除了证实了以前在其他族群中公布的一些相关变异,我们还发现了两个位于9q31.2和19q13.4的位点。其中,位于19q13.4的位点除了与引起控制炎性应答的LILRA3基因的前6个外显子丢失的6.7kb的胚系缺失有很强的关联性以外还与LILRA3的mRNA在T细胞中的表达有很强的相关性。

文献4

 

论文题目: Genome-wide association study in Han Chinese identifies four newsusceptibility loci for coronary artery disease

中文题目:对汉族人群的全基因组关联研究发现4个新的冠心病相关位点

期刊名称: Nature Genetics (IF: 27.125)

发表时间: 2013年

研究内容:

通过Affimatrix SNP array平台对中国汉族人群进行了两次独立的冠心病全基因组关联研究(病例组共:1515,对照组共:5019)并对其结果进行了荟萃分析。随后又对15460例汉族冠心病人和11472例对照进行了重复性研究,发现了4个新的冠心病相关位点(p<5 x 10-8)。这些位点集中于TTC32-WDR35, GUCY1A3, C6orf10-BTNL2和ATP2B1中或附近。除此之外,我们还发现了此前在欧洲人群中有过报导的分布于PHACTR1,TCF21,CDKN2A-CDKN2B和C12orf51中或附近的4个位点。

文献5

论文题目:基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术检测华法林代谢酶基因多态性

期刊名称: 临床检验杂志

发表时间: 2014年

合作单位:首都医科大学附属北京安贞医院

研究内容:

目的:用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)技术建立检测人群中华法林代谢酶基因多态性的方法。

方法:选取2011年1月至2013年1月北京安贞医院心脏外科心脏机械瓣膜置换术后接受华法林抗凝治疗的患者10例,采集外周血,提取全血基因组DNA,用MALDI-TOF MS技术检测10例患者华法林代谢酶基因CYP2C9*2(rs1799853)、CYP2C9*3(rs1057910)、CYP2C9*6(rs9332131)、VKORC1 C>T(rs9923231)(-1639G>A)、GGCX G>C(rs11676382)的单核苷酸多态性(SNP)位点,并用Sanger测序法进行验证。

结果:用MALDI-TOF MS技术可以同时完成10份标本3个华法林代谢酶基因5个SNP位点的检测。10名服华法林的心脏机械瓣膜置换术患者中,发现VKORC1-1639G>A AG型2例,AA型8例,A等位基因频率为90%。未发现CYP2C9*2(rs1799853)、CYP2C9*3(rs1057910)、CYP2C9*6(rs9332131)和GGCX G>C (rs11676382)突变。经与Sanger测序法比较,符合率为100%。

结论:成功建立MALDI-TOF MS技术检测华法林代谢酶基因多态性的平台,该法具有高通量、快速、准确的特点,在个性化医疗上有较大的推广应用价值。

文献6

论文题目:基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术检测药物代谢酶基因多态性平台的建立

期刊名称:现代检验医学杂志 

发表时间:2016年

合作单位:中国医学科学院北京协和医学院北京协和医院

研究内容:

目的:建立基于基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)技术检测患者体内药物代谢酶基因多态性的平台。

方法:选取2013年10月~2014年6月在北京协和医院门诊就诊患者53例EDTA抗凝外周血,提取全血基因组DNA,用MALDI-TOF MS技术检测53例患者药物代谢酶基因 CYP2C9*2(rs1799853),CYP2C9*3(rs1057910),CYP2C19*2(rs4244285),CYP2C19*3(rs4986893),CYP2C19*4(rs28399504),CYP2C19*5(rs56337013)和CYP2C19*17(rs12248560)的单核苷酸多态性(SNP)位点,并用Sanger测序法进行验证。

结果:用MALDI-TOF MS技术可以同时完成53份样本,2个药物代谢酶基因,7个SNP位点的检测。53例患者中,发现CYP2C19*2(rs4244285)AG型25例,AA型6例,GG型22例,A等位基因频率为34.9%。CYP2C19*3(rs4986893)AG型4例,GG型49例,A等位基因频率为38%。CYP2C9*3(rs1057910)CA型5例,AA型48例,C等位基因频率为4.7%。未发现CYP2C9*2(rs1799853),CYP2C19*4(rs28399504),CYP2C19*5(rs56337013)和 CYP2C19*17(rs12248560)位点突变。经与Sanger测序法比较,两种检测方法结果的符合率为100%。

结论:成功建立MALDI-TOF MS技术检测药物代谢酶基因多态性的平台,该平台具有高通量、准确的特点,对个性化用药治疗具有重要的临床应用价值。

文献7

论文题目:中国核酸质谱应用专家共识

期刊名称:中华医学杂志

发表时间:2018年

研究内容:

基因检测在遗传性、感染性及肿瘤等疾病的辅助诊断、用药指导等方面起到举足轻重的作用。20世纪80年代出现的基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)打破了以往质谱仅可分析小分子物质的传统,使得核酸、蛋白质等生物大分子也可应用质谱进行研究,大大推进了基因组学、蛋白质组学的发展,并且给生物领域及医学领域带来了革命性的突破。

质谱是一种功能强大的综合性技术平台,除可以进行蛋白质多肽检测、微生物鉴定、糖基化检测外,还可进行基因的SNP、突变、甲基化及CNV分析。迄今为止临床上还鲜有其它检测平台可以兼顾多种组学层次的检验分析。独特的多重PCR技术,稳定准确的检测结果,经济的检测成本可满足临床越来越多对中等通量位点SNP及基因突变等定性和定量检测的需求,再加上方便快捷的DNA甲基化及CNV检测,更使得质谱在基因检测领域具有自己的特色和极大的竞争力。随着临床实验室对质谱的了解和应用不断的加深,未来该检测平台或可成为规范实验室不可或缺的标准装备。

 

毅新质谱成立于2003年, 是国内首家专注于临床飞行时间质谱系统研发、生产的企业。目前公司员工规模超过140人,其中研发人员数量占比60%以上。2014年6月,公司自主生产研发的Clin-TOF飞行时间质谱系统通过国家食品药品监督管理总局(CFDA)医疗器械认证。作为国内最先取得CFDA注册证书的临床飞行时间质谱企业,毅新在全球首创并实现了单机多平台化,一台机器可满足微生物、蛋白、基因、糖基四大临床应用,其技术已完全达到国际领先水平。

截至目前,毅新申请专利 110余项,已获授权 40 项;多项已申请国际 PCT 专利;获得软件著作权 13 项,与中国人民解放军总医院、上海瑞金医院、北京大学口腔医院、广州中山肿瘤医院等单位合作发表 SCI 论文超过 22 篇,承担多项科技部重大专项课题。

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