报道/景杰学术
质谱分析除了能让我们得到丰富的数据以外，更能获取大量的图谱。
事实上，从质谱仪上得到的最原始的信息就是大量的图谱，几万张，几十万张，甚至于几百万张。这些图谱可以通过MaxQuant系列软件从而转化为直观的数据，然后基于从MaxQuant中得到的一系列数据，我们可以进行更为丰富的生物信息学分析。
在老师们自己分析数据或者文章投稿时，经常会有导出图谱的需求，特别是针对修饰组学。因此，小编本期将介绍如何从MaxQuant软件中导出修饰鉴定结果的质谱图。
1.检查数据完整性
修饰鉴定结果完整的数据包括以下截图的几类文件：
.raw为质谱的原始下机文件
.index与.raw文件一对一
mqpar为参数文件（在数据不全的情况下，可以使用该文件重新搜库）
xxxx文件夹为中间文件（“xxxx”一般为默认的项目编号）
combined文件夹中会包含6个文件夹与多个中间文件
2.MaxQuant软件操作
2-1 File导入所有.raw文件，然后
2-2 从Protein groups中找到目的蛋白，单击Shown in Acetyl（K）sites table，再单击Acetyl（K）从表中可以看出该蛋白所有发生修饰的位点，从Positions with proteins列可以查找到目的位点。（此处以乙酰化为例）
2-3 在软件上方
掌握以上流程步骤就能轻松获取修饰定性谱图了，下期小编将介绍如何识别基本谱图信息。
另外，请注意：
（1）数据结果文件完整才能在MaxQuant中呈现出谱图，不完整时需要按原先参数文件重新搜库；
（2）软件版本要与搜库时使用的保持一致，软件版本可以在combined的txt文件夹中的parameter文件中查看。
往期干货回顾
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第01课：投稿建议：写完文章往哪投？蛋白组学领域期刊介绍与投稿建议
第02课：上传组学数据：投稿前你需要知道的一件小事，如何上传组学原始数据？
第03课：MS-Viewer：MCP投稿必备技能，MS-Viewer使用说明
绘图与数据处理篇
第01课：制作火山图：简单两步，用Excel轻松搞定火山图
第02课：蛋白互作网络图：手把手教你做蛋白互作网络图（文字版）、蛋白互作网络图（视频版）
第03课：画韦恩图：教你轻松画韦恩图
第04课：EXCEL技巧：干货分享，不可错过的Excel小技巧
第05课：绘制散点图：Excel技巧分享篇——绘制相关性散点图
第06课：AI修图：科研必备: Adobe Illustrator(AI)修图教程
数据库篇
第01课：植物研究数据库：推荐 | 植物科学研究常用数据库与网站
第02课：蛋白数据库：干货分享！常用的蛋白数据库，你了解多少？
第03课：KEGG通路数据库：干货分享，你知道却不是很了解的KEGG信号通路数据库
第04课：NCBI数据库：【干货分享】蛋白组学之NCBI数据库介绍
第05课：iProX数据库：干货分享，iProX数据库上传指南
第06课：iGPS软件：干货分享！iGPS软件预测激酶分析
第07课：预测修饰位点：实用！如何预测蛋白质上的修饰位点？CSS-Palm一下！
第08课：磷酸化修饰：如何避免磷酸化修饰位点鉴定的“坑”，你知道吗？
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