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用数据说话,安捷伦 SurePrint 寡核苷酸合成技术究竟好在哪?

安捷伦视界
2021.3.26

寡核苷酸是一类通常为几十个碱基的短链核苷酸的总称(包括脱氧核糖核酸 DNA 或核糖核酸 RNA)。寡核苷酸可以很容易地与它们的互补链结合,经常被用做探针来确定 DNA 或 RNA 的结构,还被应用于二代测序靶向捕获、基因芯片、电泳、荧光原位杂交,以及当下热门的基因编辑等应用中。早在 1978 年,人们就已经有使用合成寡核苷酸来调节 RNA 功能的设想1,最近二十年间,随着基因组学、化学、药理学和药物递送方面取得相应进展,至今已有 11 款治疗性寡核苷酸药物获得美国 FDA 批准上市2,虽然获批上市的寡核苷酸药物数量非常有限,但却进一步拓展了寡核苷酸的应用前景。

安捷伦公司凭借着世界领先的生产规模及专有的 SurePrint 寡核苷酸合成技术,深入参与寡核苷酸的各个应用领域,为全球用户提供高质量的寡核苷酸解决方案。

SurePrint —— 源于“基因”的优势,

我们与众不同

安捷伦提供高品质、可靠、高定制化的寡核苷酸生产服务。提起惠普,相信大家都不会陌生——一个引领打印技术变革的巨人。而安捷伦从惠普独立出来之后,继承了领先的打印技术——喷墨打印,并早在 20 世纪 90 年代初,将其应用于核酸合成领域。如今,我们带着鬼斧神工般的非接触式工业喷墨打印工艺,在寡核苷酸制造生产中取得世界领先的好成绩。我们的 SurePrint 平台凭借着精良的 DNA 印刷(原位合成)工艺,以四种碱基作为“墨水”,根据目标寡核苷酸序列,将四种脱氧核糖核酸顺次原位合成在特殊制备的玻片上。这种寡核苷酸的合成方式无需接触、无需制板,可以直接将电脑里的核酸序列信息转化为玻璃片上的寡核苷酸。

安捷伦 OLS 的技术优势 —— 用数据说话,我们性能卓著

利用 SurePrint 平台,安捷伦将寡核苷酸文库的质量提升到了新的高度,不仅一次合成的寡核苷酸数量多,同时在质量上有更好的保障。

可靠合成长片段寡核苷酸

安捷伦在长寡核苷酸合成方面是技术领导者。传统的合成中,一旦长度超过约 50 个核苷酸,就会开始积累大量缺失。这时,产率变得过低,无法有效合成和纯化寡核苷酸。SurePrint 工艺可合成长度超过 220 个核苷酸的长链寡核苷酸。

高序列保真度

安捷伦 OLS 文库具有极高的保真度,安捷伦的文库均由技术先进的 SurePrint 平台合成,错误率远低于业界平均值。安捷伦标准 OLS 的错误率为至 1/300 至 1/500,高保真的 HiFi OLS,进一步将错误率降低到 1/600 至 1/1200。高保真率不仅可以改善功能性实验的结果,还可以缩短文库筛选的时间。

图 1. A) 比较使用 Agilent SurePrint 高保真 (HiFi) 文库(绿色,98%)、Agilent SurePrint 标准文库(蓝色,92%)和竞争产品(橙色,78%)构建的相同文库中的序列完美构造子百分比。B) 比较安捷伦 HiFi(绿色,1)、安捷伦标准产品(蓝色,4)和竞争产品(红色,12)生成相同文库时每 kb 的错误数。Agilent SurePrint 文库的错误数不到竞争产品错误数的一半,因此可获得更清晰的结果,并缩短筛选时间。注:如需获取有关访问 HiFi 文库的信息,请联系我们。

高文库呈现性

呈现性是文库质量中更为关键的一个参数。呈现性指的是每个寡核苷酸序列在文库中的相对丰度,可通过对比呈现不足寡核苷酸数目与过度呈现寡核苷酸数目来进行衡量。安捷伦的 DNA 合成技术可实现并行合成的合理设计,从而允许调节文库呈现性,甚至在极其复杂的文库中也能实现寡核苷酸的高度均一分布。安捷伦可以提供复杂度高达 244,000 条独特序列的寡核苷酸文库,其中每种寡核苷酸以精确的比例存在。

文库订制的灵活性

通过安捷伦基于网页的 SureDesign 平台,用户无需额外付费便可以便捷地针对研究需求来定制文库,或提供的文件直接生产 OLS 文库。

CRISPR DNA 文库和 sgRNA——精准靶向,我们精益求精

利用 CRISPR 技术修复肿瘤细胞基因或沉默特定蛋白表达是研究肿瘤发生发展过程以及开拓肿瘤治疗的重要手段3 ,CRISPR 文库对于肿瘤相关基因的功能学研究起着至关重要的作用。安捷伦的 CRISPR 文库凭借专利的 SurePrint  合成技术,以极低的错误率、高复杂度的文库、简便的操作,精准地实现基因敲除、敲入、激活、干扰等编辑功能,避免脱靶效应。

安捷伦提供靶向人类或小鼠基因组中的所有外显子的可直接包装的全基因组敲除文库或 GeCKO 质粒文库、激活与干扰文库、可直接克隆的定制文库、可直接扩增的 OLS 文库。同时,凭借专有的 RNA 合成技术,我们还可以提供长达 164 nt 的 single Guide RNA,规格可从小量的 ug 级,到中等规模的 50 mg – 1g,满足客户的科研和临床前研究的需求。安捷伦还具备 GMP 级 sgRNA 的生产能力,支持客户的临床研究及治疗产品的商业化生产。安捷伦提供的全方位的 CRISPR 产品助力细胞基因编辑、基因表达调控、基因敲除动物模型的构建,以及人类疾病动物模型的治疗研究等领域。

安捷伦 CRISPR 整体解决方案 —— 您的 CRISPR 一站式服务

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参考文献

1. Zamecnik PC, Stephenson ML. Inhibition of Rous sarcoma virus replication and cell transformation by a specific oligodeoxynucleotide. Proc Natl Acad Sci U S A 1978;75:280-284.

2. Roberts, T.C., Langer, R. & Wood, M.J.A.(2020). Advances in oligonucleotide drug delivery. Nature Reviews Drug Discovery. https://doi.org/10.1038/s41573-020-0075-7

3. LEI, T., LI, L., XIAO, B., QU, J., SUN, Z. and HE, Y., 2021. CRISPR/Cas9文库筛选技术的发展及在肿瘤研究中的应用. [online] PubMed Central (PMC). Available at: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6926087/.

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