系统发育进化树（Phylogenetic tree）也叫系统进化树，它利用树状分支图形来表示各基因或物种之间的亲缘关系，是系统生物学研究中的重要手段。一个结构清晰、注释清楚、配色美观的进化树往往能为文章增添几分优雅气质。
在基因研究中，往往会通过进化树鉴定基因在种内及种间的基因亚族，探究目标基因可能行使的功能。那么如何绘制一个美观的进化树？下面就以拟南芥已报道的BAHD酰基转移酶基因为例，查找水稻BAHD酰基转移酶基因，结合常用的MEGA、AI（Adobe illustrator）、iTOL软件，给大家完整演示进化树的制作。
1.同源基因序列查找（如果已经准备好基因序列了可以跳过此步骤）
https://plants.ensembl.org/index.html，
进入
粘贴已报道的拟南芥BAHD基因蛋白序列，运行BLASTP:
运行完成后分别下载每一个比对结果，第一列是比对到的水稻转录本ID，经过筛选去重后，得到水稻中比对同源性高的水稻BAHD基因号，然后通过BioMart在线工具获得这些基因的蛋白序列信息。
BioMart工具中，设置选择水稻基因组，并利用上一步中比对后去重到的水稻转录本ID作为Filter标准，获得水稻对应转录本的蛋白序列信息：
这样我们就利用拟南芥报道的BAHD酰基转移酶基因，通过在线工具，查找到了水稻BAHD酰基转移酶基因及序列信息。将它们整理合并成.fa格式，用于后续进化树分析。
2.多重序列比对
https://www.megasoftware.net/
官网下载安装MEGA软件，导入整理好的蛋白或核酸序列，利用MEGA里整合的clustalW和MUSCLE插件进行多重序列比对，如下图所示：
选择多重序列比对软件和参数（以MUSCLE为例）
保存为.mas或.masx格式的结果文件，此时多重序列比对就完成了
3.构建进化树
关闭当前窗口，回到主界面，
运行完毕后会自动弹出进化树界面，此时进化树就构建好了，保存为兼容性强的Newick(.nwk)格式文件，可以用多种工具打开进行美观性调整和注释：
4.MEGA进化树美化
进化树默认矩形展示，当基因比较多的时候，进化树如下图所示，既不美观，也几乎看不到细节：
我们用MEGA打开进化树，在功能面板上选择环形展示、仅展示拓扑结构、设置字体大小，进化树就变的清晰明了：
此时如果想要标注出关注的基因，可以在格式工具里，对标签设置形状和颜色标注，同样还可以设置树枝线的粗细、相对长度等。这样就得到了一个比较美观的圆形、带标记的进化树：
最后，导出PDF或SVG格式矢量图：
5.AI（Adobe illustrator）美化
MEGA的进化树标注功能有限，比如无法添加区块颜色，不能自由添加文字标注，而这些需求在我们获得矢量图之后，可以使用AI软件自由实现，使用AI打开保存的进化树矢量图。初始效果如下，里面的文字、线条、标记等元素皆可选中，用小工具进行调整：
那么我们如果复现示例图1里的那种不规则区块背景，只需要曲率工具就可以实现：
然后设置不规则形状的填充颜色、透明度，并置于底层：
依次添加，然后用直接选择工具拖拉不规则形状上的锚点，可以对形状进行微调:
最后使用文字工具，添加注释文本，保存即可:
那么我们就得到了一个包含个性化颜色、文字注释的圈状进化树，如下所示：
6.iTOL在线交互工具
iTOL（Interaction Tree Of Life：http://itol.embl.de/）是一个集在线展示、注释和管理进化树的交互工具。绘图过程中可以随意调整树枝、标签的颜色、形状和字体，发布以来广受好评。
使用也很简单，首先，注册并上传我们前面得到的nwk格式的树文件：
比如，我们可以
另外，官方也支持上传进化树注释（Tree annotation）文件，对进化树添加注释，感兴趣的同学可以参考官方帮助文档：
https://itol.embl.de/help.cgi#annot
及示例注释文件：
https://itol.embl.de/help/example_data.zip
下面以label颜色设置+外圈色块注释为例。首先，准备两个excel表格，格式如下：
将这两个表格分别保存在两个txt文本文件中，上传至iTOL上打开的进化树，即可获得包括label颜色设置+外圈色块注释的进化树，如下所示：
此时，目标进化树就生成了，还可以通过控制面板调整注释细节。
松针状进化树也可以通过Basic-->unrooted设置获得：
最后就是数据导出了，有多种格式可供选择，建议选择矢量图，后续还可以用AI进行个性化调整。
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