绘谱君带您一道解锁蛋白质组学
2001年2月公布人类基因组草图的同时，人类蛋白质组组织（Human Proteome Organization, HUPO）即宣告成立。蛋白质组学技术的进展要早一些，最早是用edman降解方法用于蛋白质测序，蛋白质组学技术很大程度上是基于质谱技术的进步发展起来的。蛋白质组学（proteomics）的定义已经演变为，它是以蛋白质组为研究对象，研究细胞、组织或生物体蛋白质组成及其变化规律的科学，其技术平台主要包括蛋白芯片、质谱及PCR/NGS。
任何一项研究，需要有一个好的问题。科学问题或者临床问题的提出，是我们解锁蛋白质组学研究之旅的前提！下面笔者将以肺癌为例，开启基于质谱的蛋白质组学之旅。
首先，提出科学问题：
肺癌（包含小细胞肺癌与非小细胞肺癌）与正常人的血浆差异蛋白有哪些？
非小细胞肺癌与小细胞肺癌的血浆差异蛋白有哪些？
不同临床分期非小细胞肺癌的血浆差异蛋白有哪些？
接受A治疗，疗效好的病人血浆差异蛋白有哪些？疗效差的病人血浆差异蛋白有哪些？
......
接下来进入下一阶段，样本收集：
样本收集前，制定取样标准（纳入标准/排除标准）、临床样本伦理的通过、知情同意书的签署。
样本收集及预处理：收集100例正常人、100例小细胞肺癌2/3期病人，共200例血浆
。血浆收集方法：静脉全血加入抗凝剂或者直接抽血EDTA抗凝管中，轻轻颠倒5-10次混匀，4℃静置30min（避免剧烈晃动以免发生溶血），4℃，1000g-1500g离心10min，取上清（不要采分界处液），液氮速冻，-80℃保存，整个过程不要超过2h，做好标记。
为方便叙述，下面先用一张图展示基于质谱的蛋白质组学流程：
三大常规蛋白质组学检测技术手段
修饰蛋白质组学
质谱检测
根据扫描方式分为DDA-数据依赖性的扫描模式或DIA-数据非依赖性的扫描模式。
更多蛋白质组学技术
体液蛋白质组学
利用蛋白质组学技术方法，对血浆、血清、全血、脑脊液、腹水、尿液、唾液等体液样本进行蛋白质组学研究。以血液（血浆、血清、全血）为例，近十年蛋白质组学研究文章中，血液蛋白质组学研究占比稳定在15%以上。
依托不同的技术策略，我们能提供血液为代表的体液蛋白质组学服务，20ul~1000ul体积的单一样本蛋白鉴定深度可以达到1000+到5000+不等。技术手段包括：去高丰度（不依赖抗体），去高丰度（依赖抗体），磁珠富集。
因为创伤小甚至是无创、易获得性等特点，体液蛋白质组学在疾病标志物、药物疗效监测、疾病动态监测及药物靶点发现等方面具有巨大的应用前景。
磁珠法血液蛋白质富集示意图
Olink蛋白质组学
Olink 依托其核心蛋白质检测专利-临近延伸分析（Proximity Extension Assay，PEA），该方法针对每个待检蛋白设计一对抗体，抗体上偶联有特定的DNA单链标记，抗体对结合目标蛋白后，处于邻位的两条DNA单链可互补结合并延伸形成双链DNA模板，通过qPCR/NGS技术快速完成定量分析。
实现对极微量1 -6 μL 样本中48~3072种蛋白质的高精度靶向检测，为理解复杂的、实时的人体生物学，助力精准医学、转化医学、药物研发等提供创新的蛋白组检测方案。
Olink技术流程
如何选择蛋白质组学方法
以200个血浆样本（100个对照、100个实验）为例，根据我们的实践经验，可供选择的方法有：
1. 常规label free
2. 常规label free +DIA
3. 血浆蛋白磁珠富集+label free
4. 血浆蛋白磁珠富集+DIA
5. Olink
您可以根据实际情况做出一个符合您的选择，无论您选择哪种技术手段，都可以通过“提出问题-解决问题”的思维范式高效完成您的蛋白质组学研究课题。麦特绘谱蛋白组学学服务同时提供如下生物信息学服务：
蛋白质组学送样信息参考
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