2020年初武汉阻击战胜利之后，我国新冠肺炎疫情防控进入常态化防控阶段，多地相继出现散发、聚集或多点散发聚集疫情。目前，已有文献就2020年4月以来的十起本土疫情分别进行了报告。由于十起疫情都是独立的分析报道，因此缺乏对引起十起疫情的SARS-COV-2基因组特征的综合分析。
中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所等机构通过对十起本土疫情首例病例SARS-CoV-2的基因组特征进行系统分析，探究境外输入导致本土疫情的SARS-CoV-2基因组变异和遗传进化特征。
研究结果显示
与武汉参考株相比，十起本土聚集性疫情首例病例的SARS-CoV-2核苷酸突变中位数为10个（8个~26个），氨基酸突变的中位数为6个（4个~16个），且刺突（Spike，S）蛋白只有D614G一个氨基酸发生突变。除分支位点外，10条SARS-CoV-2全基因组序列的65个核苷酸突变位点以及35个氨基酸突变仅出现1~2次，呈现随机性。全基因组分析表明，这十起本土疫情的首例病例基因组按照中国分型法可划分为4个型，按照Pangolin分型法可划分为7个型，与我国1-3月份武汉流行的毒株属于不同基因型，不是本土SARS-CoV-2的持续传播。与近期英国和南非变异株属于不同基因型，无相关性。
文中使用的材料与方法如下
1
标本来源
研究对象为2020年4—11月份十起本土疫情首例确诊病例。
2
核酸提取
利用QIAamp Viral RNA Mini Kit试剂盒（Qiagen，德国），按照说明书操作步骤提取病毒总RNA，于-80℃保存待用。
3
全基因组序列测定
3.1
采用ULSEN超灵敏度新型冠状病毒全基因组捕获试剂盒（V-090418-1）对提取的病毒总RNA进行全基因组特异性扩增
3.2
利用QIAquick PCR Purification试剂盒（Qiagen，德国）对PCR产物进行纯化
3.3
按照Nextera XT DNA Library Preparation试剂盒（Illumina，美国）操作步骤构建DNA测序文库
3.4
使用Illumina测序平台的MiniSeq测序仪进行全基因组深度测序
3.5
以NCBI中的SARS-CoV-2 Wuhan-Hu-1 （GenBank：MN908947）基因组作为参考序列，使用CLC Genomics Workbench （Version 20.0）软件对测序原始下机数据进行序列拼接
4
序列比对和分析
使用BioEdit软件对十起疫情的SARS-CoV-2全基因组序列进行分析，与GISAID数据库中序列做同源性比对，选取与十起疫情的SARS-CoV-2全基因组序列同源性高的序列以及72条不同分支的代表性SARS-CoV-2全基因组序列，使用MEGA软件基于邻接法构建系统进化树。Bootstrap值设置为1000，以评估可靠性。
这一研究结果对于新冠病毒的溯源和防控提供了科学的依据 ，随着散发疫情的不断增加，类似的研究也将继续进行下去。在2021年1月18日国务院发布的【2021】1号文件《国务院应对新型冠状病毒感染肺炎疫情联防联控机制关于进一步做好当前新冠肺炎疫情防控工作的通知》中特别强调了加强流调溯源力量。在这一形势下，高通量测序技术必将在后疫情时代中对病毒株的流行溯源中起到不可替代的作用，而Illumina因美纳的测序平台也将持续为公共卫生与科研领域专家在病毒溯源、病毒检测、变异监测以及预防与治疗方案研发等领域提供重要的技术支撑。
以上截图来自：http://www.gov.cn/zhengce/content/2021-01/20/content_5581361.htm
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