那些年,无数科研人为组学数据竞折腰
GitHub里面寻觅程序包
苦学Python、R语言,差点跨界做程序员
质谱数据虽好,但无从下手也是一大烦恼!
偌大数据池,如何大海捞针,解锁暗藏玄机?
君不妨一试Progenesis
一款软件、两个维度、三种通路
四类模型、五大引擎、联网搜索、数据联动
全方位打造质谱立体化数据联邦!
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Progenesis是沃特世新一代LC-MS生物信息学产品,其利用独特算法和设计来处理和展示LC-MS数据,使科研人员能够对感兴趣的化合物和蛋白质进行精确定量分析和鉴定。Progenesis支持所有主流仪器供应商的LC-MS数据格式,通过采用直观的导向性工作流程,使用户能够快速、客观且可靠地发现宝贵样品中的相关生物标记物。
图1.可支持多品牌数据导入
单机版及网络版两种部署方式足以应对信息时代的多样化需求,纵横各类网络。
Progenesis QI:用于代谢组学/脂质组学研究
Progenesis QI for proteomics:用于蛋白质组学研究
通路分析是组学数据分析的重要环节。Progenesis QI提供了导出工具, 包含三种通路接口:IMPaLA、IPA、Metacore,可快速轻松地与第三方通路分析平台对接。
图2.一键链接通路分析
Progenesis QI标准配备统计学工具,含有单变量分析、多元统计分析、相关分析和功效分析,可便捷找到感兴趣的化合物。还可以通过与EZInfo 3.0的无缝集成来使用多元统计学模型,例如:偏最小二乘法/正交偏最小二乘法(PLS/OPLS)、偏最小二乘判别分析/正交偏最小二乘判别分析(PLS-DA/OPLS-DA)。
图3.内置多元统计学模型
兼容NIST、METLIN MS/MS、Mascot Server三大商用数据库作为软件搜索引擎,同时标配ChemSpider、LipidBlast两大搜索引擎,联网联动,一键直达所需结果。
注:LipidBlast是Fiehn实验室于2013年上线的数据库,该数据库基于计算机预测的脂质类化合物的质谱信息来帮助研究者对脂质类化合物进行注释。
该版本峰提取界面增加自定义编辑功能,允许查看后手动重新积分、删除、分割、合并和添加新的峰选择。同时,新版本还增加了METLIN LC/MS/MS library 2019功能。