质粒DNA作为基因制剂的传递载体，被广泛应用于基因治疗、细胞治疗、疫苗等生物制品领域。质粒DNA主要有三种拓扑结构，超螺旋、开环和线性形式。超螺旋质粒在细胞转染及基因表达方面优于其他形式，所以，高质量、高纯度的超螺旋质粒DNA是确保基因制剂安全性和有效性的前提条件。欧洲药物评审组织（EMEA）在关于“慢病毒载体的生产与开发”指导方针中指出，有必要在慢病毒载体的生产中使用高质量的质粒DNA。美国食品药品监督管理局（FDA）用于基因制剂质粒DNA指导意见的要求，超螺旋质粒百分比需大于80%。我国《生物技术药物研究开发和质量控制》一书中指出，对于质粒类生物制品超螺旋比例一般要大于90%。
在质粒的研发和生产过程中，质粒的纯化工艺研究，制剂配方工艺研究，大规模生产的批次一致性，都需要对质粒的超螺旋结构进行质控检测。
图1. PA800 Plus药物分析系统与dsDNA 1000 试剂盒
使用SCIEX PA800 Plus药物分析系统，结合激光诱导荧光检测器（LIF）和dsDNA 1000 试剂盒（货号477410）（图1），可以对质粒的三种拓扑结构进行高效分离，并能准确计算超螺旋百分比，用于质粒的纯度检测（图2）。
该毛细管凝胶电泳（CGE-LIF）方法具有如下优势：
分离度好：超螺旋、开环及线性质粒可以得到基线分离，易于产品的定量及质控；
重复性好：超螺旋质粒峰的迁移时间相对标准偏差（RSD）＜0.3%，纯度RSD＜0.5%（n=18）；
适用范围广：适用于不同大小范围的质粒的分析；
操作简单：具有商品化的试剂盒，自动化程度高；
灵敏度高：使用激光诱导荧光的检测模式，可提供超高的检测灵敏度；
符合法规：仪器具有操作（OQ）认证，操作软件能够进行权限设置和审计追踪。
图2 CGE-LIF方法分析质粒的纯度
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