反义核酸等核酸药物的开发和品质管理中，需要开发尽可能从合成的目标寡核酸中分离出杂质的方法。以下是使用聚合物基质HILIC色谱柱HILICpak VN-50 2D进行20mer的目标合成寡DNA和19mer (n-1)、18mer (n-2)、17mer (n-3)的核苷酸片段缺失体HPLC分析的应用实例。HILIC模式基本上亲水性越强保留时间越长，所以按照各合成寡DNA聚合度由低到高顺序洗脱。本实验条件不需要离子对试剂，也不需要在流动相中添加高浓度盐，适用于寡核酸的LC/MS分析。
以下是使用聚合物基质HILIC色谱柱HILICpak VN-50 2D进行20mer的目标合成寡DNA和三种碱基序列差异（1，2，3处差异）合成寡DNA的HPLC分析的应用实例。导入不同类型的碱基会导致样品亲水性的变化，所以使用HILIC模式可以分离各种寡DNA。本实验条件不需要离子对试剂，也不需要在流动相中添加高浓度盐，适用于寡核酸的LC/MS分析。
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