DNA甲基化是重要的表观遗传学标记信息,获得全基因组范围内所有C位点的甲基化水平数据,对于表观遗传学的时空特异性研究具有重要意义。我们以新一代高通量测序平台为基础,结合全基因组Bisulfite处理和生物信息数据分析技术,进行低成本、高效率、高准确度的全基因组DNA甲基化水平图谱绘制。特定物种的高精确度甲基化修饰模式的分析,必将在表观基因组学研究中具有里程碑式的意义,并为细胞分化、组织发育等基础机制研究,以及动植物育种、人类健康与疾病研究奠定基础。
一、标准信息分析
1. Bisulfite测序序列与参考基因组比对;
2. 测序深度和覆盖度分析:C碱基有效测序深度的累计分布统计和不同reads测序深度下的基因组覆盖度;
3. C碱基甲基化水平评估:C、CG、CHG和CHH平均甲基化水平;
4. 全基因组甲基化水平分布趋势:
1) 甲基化C碱基中CG、CHG和CHH的分布比例;
2) CG、CHG和CHH中的所有C的甲基化水平;
3) 各条染色体、不同基因区域和不同基因元件区域中CG、CHG和CHH中C的甲基化水平;
4) CHG和CHH中甲基化C附近9 bp的序列特征分析;
5) 全基因组甲基化图谱:染色体水平的甲基化C碱基密度分布,不同基因组区域和转录元件中的DNA甲基化水平;
6) 差异性甲基化区域分析(DMR)。
二、定制化信息分析
可结合客户的需求,协商确定定制化信息分析内容。
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