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  宏基因组测序对特定生境样品中微生物群体基因组进行序列测定，进而分析微生物群体基因组成及功能，解读微生物群体多样性与丰度，探求微生物与环境，微生物与宿主之间的关系，发掘和研究新的、具有特定功能的基因。

实验流程：

生物信息分析：

1.  原始数据整理、过滤及质量评估

2.  基因集分析

  基因功能注释

基因功能丰度差异分析

丰度差异的基因 GO 富集分析

 丰度差异的基因 KEGG 富集分析

 聚类分析（热图）

多元统计分析（根据实验设计）

3.   基于物种丰度分析：

   稀释曲线

 Alpha多样性分析

   物种丰度差异分析

聚类分析（热图）

4. 基于群落结构分析：

   单样品物种分布

 多样品物种分布

5.  微生物基因组序列组装和拼接