App Chip-04 GSEA基因特征富集分析

通过均值比较在整个基因组上基因的表达情况可以大致估计差异变化的基因数量和分布情况，然而并不能提供对差异变化基因参与的生物学通路和功能的分析。我们凭借多年研究积累的基因功能注释信息，包括蛋白质相互作用，信号通路和代谢通路，以及调控网络信息对差异表达变化的基因集进行功能注释和定位，保证准确和具有生物学意义的结果返回给研究者。

利用基因富集的思想分析研究者关注的差异表达变化的基因所参与的生物学通路或者功能过程。分析最后给出一组研究者关注的或者来自差异表达分析得到的基因集可能参与的生物学功能模块。

优势特点

    (1) 将生物学知识库来源的基因集与表达谱相关联；

    (2) 丰富的生物学先验知识信息提供表达差异基因的综合生物功能的推断；

    (3) 稳定的，权威的统计学检验方法；

    (4) 跨物种研究基因的功能，可以比较同源差异基因在不同模式动物之间的功能相关性；

    (5) 在高层面上诠释基因集合的功能性，发现并分析与特定表型相关的功能基因组上的变异情况。

分析流程

    (1) 构建针对研究目的的基因集(Gene set)；

    (2) 使用信噪比做差异表达分析，并在表达谱中做排序处理；

    (3-4) 计算实际排序分布与随机排序分布的差异值,

    (5-6) 计算基因集在每个芯片对应的条件处理下排序的显著性，得到对应芯片处理条件 下的显著正/负相关的基因功能或者通路的注释。

 

图例-1 基因富集分析。