单细胞ATAC测序服务（single cell ATAC sequencing)-参数-价格-上海烈冰生物医药科技有限公司手机站

产品描述

ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with highthroughput sequencing）是利用转座酶研究染色质可及性的高通量测序技术。单细胞ATAC测序在表观基因组学水平上，揭示单细胞染色质的可及性问题，区分细胞异质性，获得开放染色质的位置、转录因子的结合位点、核小体的调控区域和染色质状态等信息，是单细胞表观遗传学的重要突破。

—— 单细胞ATAC测序能干什么？——

探究细胞分化发育过程

揭示肿瘤微环境

探究疾病的致病机制

绘制染色质开放图谱

—— 技术原理 ——

基于10×Geomics ChromiumTM动态微流控技术，通过带有特定barcode标签的凝胶磁珠（beads）来标记细胞核，形成独立的油包水结构，进一步对Tn5转座酶酶切后的短片段进行PCR扩增，最后去除油滴，将所有的序列混合在一起，进行上机测序。

—— 技术优势 ——

ATAC切割没有偏好性，能完整地捕获整个开放区域

所需的细胞数量少，最少500个细胞即可测序

细胞核捕获率高达65%

适用于培养的细胞系，血液，新鲜和冻存组织等样本

烈冰自主搭建分析云平台，一键实现数据分析。

—— 烈冰服务方案 ——

单细胞ATAC测序实验流程

样本要求
样本类型：制备好的单细胞悬液，血液，培养的细胞系，冻存组织（限于脑和心脏组织）等。
质量要求：细胞活性大于80%，浓度为500-2000细胞/μl，体积不小于200μl，细胞培养基及缓冲液不能含Ca²⁺和Mg²⁺，细胞直径小于40μm。

单细胞ATAC测序数据分析流程
针对每个样本的单细胞scATAC-seq测序数据，对所有检测到的细胞进行分群并鉴定细胞类型，TF-motif鉴定和富集程度分析，Peak相关基因分析及差异可及性位点分析。其中包括：1）预处理（质量控制(QC)和比对）；2）基本分析（peak calling、聚类、TF-motif、细胞亚群、marker基因、信号通路富集分析）。