差异定量方法比较 | TMT/iTRAQ | DIA |
数据采集方式 | DDA 选择丰度高的离子碎裂,数据采集具有一定随机性; 只能根据母离子/报告离子定量,无法提取离子对定量,随机性较大,准确性、重现性较差。 | DIA 所有离子完全采集,无数据丢失;重现性好;高通量定量分析。 |
优势 | 混合上机,质谱分析平行性好。 样本数量较少,相对定量简易。 方法成熟,参考文献丰富,成本较低。 | 质谱操作简便不需分组分,样本处理很少,软件及数据库快速发展提高效率。 DIA全扫描,蛋白鉴定重现性好,可高通量定量分析更多蛋白。 个体化分析,样本数增加,统计学分析更具意义。 样本基因表达差异影响小(不同部位、不同个体的样本,均能分析)。 |
局限 | 基因表达情况接近的样本(不能跨部位),为消除个体差异带来的影响,科研上很多时候还需要混样。 样品数受限(≤8标、≤10标);样本数量较多时需设对照分多组,定量分析困难。 DDA扫描,蛋白鉴定重现性较差,获得的差异定量数据,必须进一步验证。 | 采用DIA数据采集方式,对质谱仪器平台要求高。 数据量大,对方法及软件效率要求高。 若大样本检测,检测成本相对提高。 |