蛋白质工程定量就是指在蛋白质组学研究中对蛋白质含量进行精确鉴定，即定量蛋白质组学，其通过探讨蛋白质的量变与生物体生长发育和疾病发生等之间的内在联系，可以揭示生命现象的分子机理以及寻找药物靶标等。目前，定量蛋白质组学技术根据定量手段的不同大致可以分为三类，一是荧光定量蛋白质分析技术，二是蛋白质芯片技术，三是基于质谱的蛋白质组定量分析技术。

荧光定量蛋白质技术利用荧光染料对蛋白质进行染色，主要用于对凝胶电泳后如SDS-PAGE和2-DE等电泳后的蛋白质进行染色，通过荧光成像仪成像结合分析软件进行图谱的点检测和胶间的匹配实现蛋白质的定量分析。

蛋白质芯片技术又称蛋白质阵列或蛋白质微阵列，它通过将大量的蛋白质、蛋白质检测剂或检测探针作为配基以预先设计的方式固定在载体上组成密集的阵列，然后从待测生物样品中捕获蛋白质配体，再通过显微镜技术（LSCM和SPR等）和表面离子体共振等技术高通量的定性和定量检测蛋白质。

基于质谱的定量技术是当前最先进、最常使用也是首选的蛋白质定量技术，根据其是否引入同位素标记可以分为标记策略和非标记策略（Label Free）。标记策略又根据标记的时期分为代谢标记或体内标记和提取后标记或体外标记。¹⁵N代谢标记技术、SILAC在细胞培养时引入同位素标记，而TMT、iTRAQ、ICAT以及¹⁸O-trypsin等方法则对提取后的蛋白质进行同位素标记。

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