要明确蛋白质组学与转录组学如何选择，首先要了解二者是什么，有什么区别。

蛋白质组学是以一个细胞、组织或机体的基因组所表达的全部蛋白质或一个体系中的全部蛋白质为研究对象，从整体水平上研究蛋白质的特征，包括蛋白质种类和含量鉴定、翻译后加工情况以及蛋白质与蛋白质相互作用等，由此从蛋白质水平上揭示关于疾病和细胞代谢等生命过程的分子机理。

转录组学，顾名思义，是以某一时期或某一生理条件下细胞内的所有转录产物为研究对象，旨在从整体水平上研究细胞中基因转录情况以及转录调控规律。转录组是基因表达的中间产物，作为桥梁将基因表达与下游的最终翻译物质蛋白质联系起来，将蛋白质组学与代谢组学的数据进行整合分析，有助于了解生物系统各个组成部分之间的相互作用，实现单一维度分析不能完成的生物学目标，如改进基因组注释、预测RNA蛋白质数量、破译基因调控、发现疾病标记物和药物靶点等。

综上，蛋白质组学和转录组学研究的对象、内容和所得到的结果都不相同，在实际操作中，要根据具体的实验目的来选择研究对象和方法，还可以将二者进行联合分析。

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