植物在不同生长时期及外界环境影响下会表达不同的蛋白质或代谢产物以适应和应对这种变化，研究植物体内蛋白质或小分子代谢产物的变化规律即植物蛋白质组学和植物代谢组学有助于理解植物体内相关生命过程的本质和分子机理。进行植物蛋白质组学和代谢组学研究首先要从待研究的植物组织如种子、根、茎、皮、木、叶和果实中提取蛋白质和代谢物样品，或者提供相应的植物组织。需要注意的是，蛋白质提取过程中，不同的代谢物应选择不同的适宜的提取方法；对于取样后不能马上进行内含物提取的组织应尽快用液氮处理并于-80℃冷冻保存，防止蛋白质或代谢物发生变化或降解。

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