基于质谱的蛋白质、抗体、多肽等样品的序列分析，是对样品氨基酸序列的分析。质谱测序即指基于质谱对样品一级结构氨基酸序列的测定。在进入质谱序列分析之前，我们先对几个定义进行简单的介绍。氨基酸是含有胺（-NH2）和羧基（-COOH）官能团以及每个氨基酸特有的侧链（R基团）的有机化合物。肽是由肽键连接的两个至五十个氨基酸组成的短链。多肽是更长、连续、不分支的肽链，zui多可包含约五十个氨基酸的较长的肽链。包含五十个以上氨基酸的多肽/肽链被称为蛋白质。蛋白质由一种或多种以生物学功能基团方式排列的多肽组成，通常可结合至配体（例如辅酶和辅因子），另一种蛋白质，其他大分子（例如DNA或RNA）或更复杂的大分子装配体。抗体（Ab），也称为免疫球蛋白（Ig）则是主要由浆细胞产生的大的Y形蛋白质，被免疫系统用来中和病原体，例如病原细菌和病毒。

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