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新一代蛋白质组学平台的组成：
NEW TripleTOF® 6600 System：硬件创新；
NEW SWATH™ Acquisition 2.0：数据“采集”和数据“处理”两个关键部分；
NEW ProteinPilot™ Software 5.0：“算法”和“结果”均得到提升；
Eksigent nanoLC 400 systems：提供zei可靠的色谱的重现性；
TripleTOF® 6600 System的主要性能提升：
更宽的动态范围：增强的检测器技术使得线性动态范围大于5个数量级，更多低丰度肽段和蛋白质被检测；
质荷比选择范围更宽：Q1母离子选择的zei大质荷比提高到2250，覆盖更多高质荷比的化合物，对糖基化分析有利；
更快的采集速度实现更高品质的定量：一轮SWATH循环可跨越200个可变窗口，降低干扰提高专一性，使得更多肽段和蛋白质得以定量；
质量准确度的稳定性更好：降低校正频率，提高工作效率 ；
通过动态累计时间功能提高二级图谱质量：从而提高对P™肽段的位点鉴定成功率和iTRAQ®定量可靠性；
SWATH™可变窗口数据采集与处理
数据采集：每一步SWATH™的隔离窗口都具有相同的母离子密度-每轮SWATH™循环的总时间固定并和色谱峰相匹配；窗口越窄，专一性越好，肽段检测越可靠；大幅提高可靠、可重复定量的肽段数目。
数据处理：定量水平FDR过滤，保证结果可靠；一键自动进行保留时间校正，使用方便；IDA工作模式下的二级图谱采用动态累积时间，通过更智能的二级图谱采集提高图谱质量、二级质谱的累积时间根据所选母离子的实时 信号强度智能动态调整；对于iTRAQ实验，当使用动态累积时间的功能时，同一蛋白质不同肽段所测得的量变数值更接近一致
ProteinPilot™ 5.0软件特点：
一级图谱质量得到更大的提升；
共洗脱肽段同时被打碎形成一张混合图谱的时候，ProteinPilot™能将其进行很好的区分和鉴定；
自动生成报告；新增翻译后修饰功能，集中展示所有翻译后修饰的信息；
数据库搜索结束之前，自动连接到UniProt，提供蛋白质注释的所有信息；