TEM断层扫描系统采用了独特算法的软件（Recorder、Composer和Visualizer-Kai）。

该软件能够在短时间内自动获取断层成像需要的连续倾斜图像

该软件能将获取的连续倾斜图像利用计算机断层成像技术进行三维重构

能将三维重构后的图像数据，用体绘制或面绘制等各种方式显示，并且在显示屏上可以自由自在地观察

大倾斜角度下获取图像时，需要使用高倾斜样品台。