RNA干涉（RNAi）机制在转录后基因沉默中有根本性的作用，在已知序列的情况下，基因沉默常规实验可通过使用~21个核苷酸（nt）长度的 合成RNAi探针进行，此法也用于研发药物。

　　合成RNAi寡核苷酸须纯化以防靶点外的基因沉默。RNAi药物需要良好的实验描述，以达 到法规要求，将可能的安全有效性的不良作用降低到最小。

　　沃特世超高效液相色谱（UPLC®）技术的高分离度色谱能力与质谱联用分析是分 析siRNA寡核苷酸等生物药物的有力手段。作为寡核苷酸确证的一部分，可通过选择性酶或化学物进行测序。二级质谱碎片分析方法为快速通用方法，可用于修 饰后的寡核苷酸（通常对酶切有抵抗力）。为获得完整的21核苷酸RNAi的结构信息，二级质谱分析中其分子须有效离子化并产生与序列相关的离子，质量精确 性与分离度也需适当。

　　本应用手册提供了精确UPLC/MS/MS分析方法用于21核苷酸RNA结构确证的流程。该法对确认siRNA碱 基药物的序列是非常有用的。