皮肤微生物多样性分析
产品内容:
提供皮肤微生物多样性分析的整套方案:“实验规划->样本采集->肠道微生物序列测定->生信统计学分析->论文协助”。
样品采集:
可为客户提供样品采集棉签和样品保存器皿。
检测平台:
Illumina、Ion PGM、PacBio等高通量测序分析、PCR-DGGE、实时荧光定量PCR、克隆文库等多种微生物多样性分析平台。
送样要求:
不同的样本类型,送样要求不一样。
详情请咨询公司技术热线。
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样品采集及运送:
新鲜样品:根据相关文献收集样品
DNA样品:浓度大于10 ng/uL,总量大于500 ng的基因组DNA,DNA纯度较差或降解会影响后继的扩增实验。如果方便的话,可提供电子版DNA电泳检测照片及 OD260/280的比值。
样品运送:送样时采用干冰保存运输;若是距离较远,建议采用干冰加冰袋,存放于冰盒中。
案例分析
标题:人体皮肤微生物的多样性概况
研究领域:皮肤微生物
分析物种:细菌
取样方法:取皮肤表皮及皮下组织
高通量测序平台:Illumina MiSeq 2×150
测序区域:16S rRNA gene V4区
主要结果:
(1)无皮肤病史的五个样本左、右手的113个OUT的系统发育树结构丰度
(2)OUT单板描述
(3).该图展示了样品根据它们Θ指数用UPGMA得到的发育树
(4).相对丰度比较
原文链接:http://genome.cshlp.org/content/18/7/1043.short
参考文献:
Grice, E. A., H. H. Kong, G. Renaud, A. C. Young, G. G. Bouffard, R. W. Blakesley, T. G. Wolfsberg, M. L. Turner and J. A. Segre (2008). “A diversity profile of the human skin microbiota.” Genome Research 18(7): 1043-1050.