中山大学蛋白质组学研究中心是广东省转化医学蛋白质组重点实验室，服务理念：问题来源于临床，服务于临床，目标盯准于重大疾病蛋白质组学与转化医学、疾病治疗新靶标的寻找与确立、重大疾病蛋白质修饰及相互作用研究。研究思路为：利用蛋白质组学或者代谢组学方法，筛选临床样本的生物标记物----大样本WB/ElISA验证-----细胞/动物进行功能验证----开发早诊试剂盒。举例：前列腺癌分2种，局限性癌和转移性癌，局限性癌预后好，而转移性癌预后极差；目前对这两种癌鉴别诊断及其困难，存在误诊，浪费人力物力情况。中山大学附属三院泌尿外科高新教授课题组，利用蛋白质组学的方法，发现与局限性前列腺癌相比较，转移性前列腺癌存在CRMP-4显著下调（JPR, 2009），进一步在动物模型验证CRMP-4在前列腺癌的重要功能(Oncogene, 2010)，同时凭借此成果获得国家进步二等奖（2012），并开发出CRMP-4试剂盒用于前列腺癌早诊，目前已经在临床使用上千次。本中心网址：http://sysupro.com。

      定量蛋白质组学可对一个基因组表达的全部蛋白质进行精确定性和定量，可用于筛选样本组之间的差异表达蛋白，结合生物信息学分析，揭示蛋白质生理病理功能。iTRAQ（isobaric tags for relative and absolute quantitation）技术是由AB SCIEX公司研发的一种体外同位素标记的相对与绝对定量技术，该试剂标记在多肽N末端或赖氨酸侧链基团，可一次性同时标记8种样本。标记好的肽段混合后，利用液质联用Orbitrap质谱仪Thermo Lumos ETD(50万分辨率，目前世界最高）/Thermo HF-X（24万分辨率）对蛋白质同时进行定性和定量分析。iTRAQ技术是近年来定量蛋白质组学最常用的高通量筛选技术。

     定量蛋白质组学的一般流程为：

样本蛋白质提取---蛋白质纯化---蛋白质定量（100ug标记量）---蛋白质还原烷基化---蛋白质酶解----iTRAQ标记---样本混合冻干---LC-MS/MS质谱鉴定---生物信息学分析（GO、KGEE和String分析）---差异确证（WB、ELISA、PRM）---差异蛋白质功能研究（借助细胞/动物模型）。

     只要涉及蛋白质均可进行标记，例如细胞、组织、血液、唾液、植物、腹水、脑脊液等等。本中心协助提供课题实验设计方案，客户只需提供蛋白样本，样品制备及其后续由本中心负责完成。本中心也可提供整体服务执行方案服务。