利用液质联用质谱（LC-MS/MS）进行考染或者银染蛋白质条带鉴定目前是主流，因为考染、银染是一维的蛋白分离（SDS-Page胶根据分子量分离），这些条带往往是蛋白质复合物，用传统的MADIL-TOF/TOF鉴定，一般只能鉴定到零星几个蛋白，而用LC-MS/MS质谱鉴定，往往可以鉴定到上百个蛋白甚至更多，效果显著。

     IP-MS相互作用蛋白鉴定，是寻找未知相互作用蛋白的常规有效手段，在科研开展中频繁被使用。CO-IP蛋白鉴定有3种方法，1、跑SDS-PAGE胶进行分离，通过处理组和对照组相比较，鉴定有差异的蛋白质条带；2、从上至下，切取每一小段胶进行酶解，最后合并进行质谱鉴定；3、直接液体蛋白质裂解物进行酶解，接着液相质谱直接鉴定。

     液相质谱检测的原理是：蛋白质进行还原烷基化后，接着进行胰酶消化成肽段，肽段在质谱仪中离子化后，会带上一定量的电荷，通过检测器分析，可得到各肽段的质荷比（m/z），从而得知各肽段的相对分子质量。为获得肽段的序列信息，质谱仪会选取某些特征肽段进行二级质谱分析。最后用检索软件选择相应的数据库对质谱数据进行蛋白质鉴定。采用Thermo品牌的高效液相色谱和质谱联用的分析方法（本中心Lumos ETD质谱，分辨率50万，目前全世界分辨率最高；和HF-X质谱仪，分辨率24万，扫描速度快 ），可以一次性鉴定成百上千种蛋白质，鉴定准确性和灵敏度高。

   本中心作为广东省第一家专业的蛋白质组学研究中心，也是广东省蛋白质组学转化医学重点实验室，开展蛋白质鉴定已有数十年，积累了较为丰富的实践经验，发表文章见附件，欢迎咨询合作，微信LH417826085。蛋白质条带样本只需常温运输，蛋白液体需低温运输，同时需提供样本基本信息和物种，鉴定周期为1-2周。包括样本处理、质谱数据采集、数据库检索报告。