简介

RAD测序 RAD（restriction association site DNA）是与酶切位点相关的DNA。RAD测序可得到标签序列（RAD-tag），并检测与其相关的变异（SNP，Indel，SSR）。RAD测序能够降低基因组的复杂度，操作简便，同时不受参考基因组的限制，能够快速的鉴定出高密度的变异位点，可以广泛应用于分子标记开发、遗传图谱的构建、群体遗传学研究等。

应用领域

遗传图谱构建及QTL定位

群体遗传学分析

局部组装及新分子标记开发

分析内容

1. 标准信息分析

    a)测序数据基本分析

    b)RAD tag产出数据统计

    c)个体RAD tag聚类及统计

    d)群体RAD tag 聚类

    e)群体基因型信息提取及统计

2. 高级信息分析

    a)饱和度分析

    b)Scaffold组装（利用Paire-end read 的read2）

    c)利用Scaffold检测SNP，Indel及SSR，并进行PCR引物设计

    d)群体变异频率统计（为后续大群体验证挑选标记提供参考）

    e)群体进化树分析

    f)群体结构分析（利用Structure软件分析群体间的可能基因交流）

    g)群体主成分分析（分析群体聚类关系）

    h)遗传图谱构建及QTL分析

    i)遗传图谱整合（需提供同一作图群体原图谱数据）

样品要求

1. 样品类型：DNA 样品；无降解或轻微降解；无污染。

2. 样品需求量（单次）：每次样品制备需要1ug 样品，如果需要多次制备样品，则需要样品总量=制备样品次数*1 ug；

3. 样品浓度：≥25 ng/μl，推荐浓度为100~200 ng/μl；

4. 推荐样本大小：子代个体数≥ 100；

项目周期

标准流程的运转周期约为45 个工作日。