NSAM-01 基因组序列拼接组装

该方案采用优化的拼接算法可对基因组数据进行精确全面的拼接，并通过一系列拼接效果评价指标衡量拼接的优化过程。基因组拼接的原理是根据测序读长read之间的重复片段(overlaps)识别前后位置关系。我们将采用优化拼接软件针对不同测序模式所获得的原始测序reads明确各自位置关系；对于测序难易覆盖的区域或者重复区域，可以在优化过程中提高拼接后的contig连通性；初步拼接成的contig片段或孤立的片段会继续循环被利用用于下一轮的优化拼接处理，保证数据的充分全面的被利用而不损失任何有效信息。草图绘制阶段形成的无法连通的scaffold可以通过设计适当的文库和针对个别区域进行gap的修补。

拼接结果评估和数据基本统计内容包括：

• 基因组估计大小（Estimated size of genome-bp）
• 基因组拼接大小（Assembly size-bp）
• 总Scafflold数目（Number of scaffolds）
• Scaffolds的N50（bp）（N50 of Scaffolds-bp）
• zei大scaffold长度（bp）（Maximum length of scaffold-bp）
• 拼接成Scaffolds的碱基数目（Number of bp assembled into scaffolds）
• 孤立contig数目（Number of orphan contigs）
• 拼接成孤立contig的碱基数目（Number of bp assembled into orphan contigs）
• singleton的数目（Number of singletongs）
• G+C 含量统计（G+C content-%）

图例 de novo 基因组拼接原理 

 

de novo 基因组测序

基因组从头测序（de novo sequencing）是不需要任何参考序列资料即可对某个物种进行测序，用生物信息学分析方法进行拼接、组装，从而获得该物种的基因组序列图谱。利用全基因组从头测序技术，可以获得动物、植物、细菌、真菌的全基因组序列，从而推进该物种的研究，为后续研究物种起源进化及特定环境适应性奠定基础。为该物种的后基因组学研究搭建一个高效的平台；为后续的基因挖掘、功能验证提供DNA序列信息。BioGenius利用新一代高通量测序技术(NGS)，并可联同单分子测序平台(Bionano)高效地完成所有物种的基因组序列图谱。

 


详情请点击： http://www.biogenius.cn/htm/products/genomics/denovogenome/analysis/12.html 
 

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